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diferenciais da Silix

Veja abaixo os principais softwares utilizados para Dinâmica Molecular e uma pequena descrição deles:

 

ACELLERA

O ACELLERA é um software de dinâmica molecular de produção especialmente otimizado para rodar em unidades de processamento gráfico (GPUs) da NVIDIA. O ACEMD é o mecanismo de dinâmica molecular mais rápido do mundo para uma única estação de trabalho e pode ler os populares formatos de campo de força CHARMM e AMBER sem nenhuma alteração.

 

AMBER

O AMBER é um conjunto de ferramentas de modelagem molecular e simulação de dinâmica molecular, disponível para CPUs e GPUs. ÂMBAR refere-se a duas coisas: um conjunto de campos de força mecânicos moleculares para a simulação de biomoléculas que são de domínio público e são usados ​​em uma variedade de programas de simulação; e um pacote de programas de simulação molecular.

 

CHARMM

Charmm é um programa de simulação molecular versátil e amplamente utilizado, com ampla aplicação em sistemas de muitas partículas. O Charmm foi desenvolvido com foco principal no estudo de moléculas de interesse biológico, como peptídeos, proteínas, grupos protéticos, ligantes de pequenas moléculas, ácidos nucléicos, lipídios e carboidratos, pois ocorrem em ambientes de solução, cristais e membranas. A Charmm fornece um amplo conjunto de ferramentas computacionais que abrangem vários métodos de amostragem conformacional e de caminho, estimativas de energia livre, minimização molecular, dinâmica e técnicas de análise e recursos de construção de modelos. O encanto também pode ser útil para uma classe muito mais ampla de sistemas de muitas partículas e pode ser utilizado com várias funções e modelos de energia, desde campos de forças mecânicos-moleculares quânticos mistos a potenciais clássicos de todos os átomos com solvente explícito e várias condições de contorno, para modelos implícitos de solventes e membranas.

 

QUANTUM ESPRESSO

ESPResSo é um pacote de software altamente versátil para executar e analisar simulações científicas de várias partículas da Dinâmica Molecular de modelos atomísticos ou de mola de esferas de granulação grossa, pois são usados ​​em pesquisas de matéria mole em física, química e biologia molecular. Pode ser usado para simular sistemas como polímeros, cristais líquidos, colóides, ferrofluidos e sistemas biológicos, por exemplo, membranas de DNA e lipídios.

 

GPUGRID

GPUGRID é uma infraestrutura de computação distribuída dedicada à pesquisa biomédica. Os cientistas do GPUGRID podem realizar simulações moleculares para entender a função das proteínas na saúde e na doença.

 

GROMACS

O GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulation) é um pacote de dinâmica molecular projetado principalmente para a simulação de proteínas, lipídios e ácidos nucléicos. O GROMACS é um dos pacotes de software de dinâmica molecular mais rápidos e populares disponíveis, e pode ser executado tanto em CPUs quanto em GPUs.

 

LAMMPS

O LAMMPS (Simulador Paralelo Atômico / Molecular de Massa Molecular em Grande Escala) é um simulador de dinâmica molecular de código aberto escrito em C ++ pela Sandia National Laboratories e foi projetado para máquinas paralelas. O LAMMPS modela um conjunto de partículas em estado líquido, sólido ou gasoso. Ele pode modelar sistemas atômicos poliméricos, biológicos, metálicos ou de mesoescala usando uma variedade de campos de força e condições de contorno e é facilmente extensível.

 

NAMD

NAMD é um código de dinâmica molecular paralela projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares. Baseado em objetos paralelos do Charm ++, o NAMD é escalado para centenas de núcleos para simulações típicas e além de 200.000 núcleos para as maiores simulações. O NAMD usa o popular programa de gráficos moleculares VMD para configuração de simulação e análise de trajetória, mas também é compatível com arquivos AMBER, CHARMM e X-PLOR. O NAMD é distribuído gratuitamente com o código fonte. Você mesmo pode criar o NAMD ou fazer o download de binários para uma ampla variedade de plataformas.

 

OPENMM

O OpenMM é um kit de ferramentas para simulação molecular. Ele pode ser usado como um aplicativo independente para executar simulações ou como uma biblioteca que você chama a partir do seu próprio código. Ele fornece uma combinação de extrema flexibilidade (através de forças e integradores personalizados), abertura e alto desempenho (especialmente em GPUs recentes) que o tornam verdadeiramente único entre os códigos de simulação.

 

RELION
RELION, para Otimização de probabilidade regularizada, é um programa de computador de código aberto para o refinamento de estruturas macromoleculares por análise de partículas únicas de dados de crio-microscopia eletrônica (crio-EM). Enquanto abordagens alternativas geralmente dependem da experiência do usuário para o ajuste de parâmetros, o RELION usa uma abordagem bayesiana para inferir parâmetros de um modelo estatístico a partir dos dados.

 

CRYOSPARC

O CryoSPARC ™ é uma ferramenta de software fácil de usar que permite a descoberta rápida e imparcial de estruturas de proteínas e complexos moleculares a partir de dados cryo-EM.

 

SPHIRE

O SPHIRE é um novo conjunto de software projetado para facilitar o acesso à microscopia eletrônica de criogenia com o objetivo claro de avaliação da qualidade e reprodutibilidade dos resultados por reamostragem estatística. Embora sejam adequados para iniciantes em crio-EM, usuários experientes encontrarão conforto na acessibilidade de quase todas as variáveis ​​possíveis nas guias de opções avançadas e na estrutura transparente e facilmente personalizável baseada em Python para pipelines de processamento não padrão. Em uma interface gráfica do usuário (GUI) visualmente atraente e fácil de usar, o usuário encontrará uma variedade de programas que guiarão o processo completo de crio-EM de alta resolução.

 

Phenix

PHENIX é um conjunto de software para a determinação automatizada de estruturas moleculares usando cristalografia de raios-X e outros métodos.

 

VMD
O VMD é um programa de visualização molecular para exibir, animar e analisar grandes sistemas biomoleculares usando gráficos 3D e scripts internos. O VMD suporta computadores executando o MacOS-X, Unix ou Windows, é distribuído gratuitamente e inclui código-fonte.

 

BITPLANE IMARIS

O módulo científico central da Bitplane, IMARIS, oferece todas as funcionalidades necessárias para visualização, análise, segmentação e interpretação de dados de conjuntos de dados de microscopia 3D e 4D.

 

SCHRODINGER MD
Um código de Dinâmica Molecular de alto desempenho, juntamente com tecnologias de hardware de computador em constante avanço, pode ser usado para realizar simulações em escalas de tempo que iluminam esses importantes processos biológicos. Desmond, criado por D. E. Shaw Research, fornece uma combinação sem precedentes de escalabilidade paralela, rendimento de simulação e precisão científica para atingir esses objetivos.

 

SCHRODINGER MS
Solução integrada para simulação em escala atômica de sistemas químicos.

 

ROSETTA

O pacote de software Rosetta inclui algoritmos para modelagem computacional e análise de estruturas de proteínas. Ele permitiu avanços científicos notáveis na biologia computacional, incluindo projeto de proteínas de novo, projeto de enzimas, acoplamento de ligantes e previsão de estrutura de macromoléculas biológicas e complexos macromoleculares.

 

SCIPION

Scipion é uma estrutura de processamento de imagens de última geração para obter modelos 3D de complexos macromoleculares usando a Microscopia Eletrônica (3dem). Scipion integra vários pacotes de software e apresenta uma interface unificada para biólogos e desenvolvedores. Permite fluxos de trabalho executáveis ​​que combinam diferentes ferramentas de software, enquanto cuida de formatos e conversões com foco na reprodutibilidade.

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