Softwares Suportados
Bioinformática
BARRACUDA
Iniciado em 2009, o objetivo do projeto BarraCUDA é desenvolver um software de mapeamento de sequência que utilize o paralelismo massivo de unidades de processamento gráfico (GPUs) para acelerar o alinhamento inexato de leituras curtas de sequência para um local específico em um genoma de referência.
CUDASW++
O software CUDASW ++ é um software público de código aberto para pesquisas de bancos de dados de proteínas Smith-Waterman em unidades de processamento gráfico (GPUs) com CUDA.
GATK
O GATK é o padrão da indústria para identificar SNPs e indels nos dados de DNA e RNAseq da linha germinativa. Seu escopo agora está se expandindo para incluir ferramentas de chamada de variantes somáticas e combater o número de cópias (CNV) e variação estrutural (SV). Além dos chamadores variantes, o GATK também inclui muitos utilitários para executar tarefas relacionadas, como processamento e controle de qualidade de dados de sequenciamento de alta taxa de transferência.
O G-BLASTN é uma ferramenta de alinhamento de nucleotídeos acelerada por GPU baseada no amplamente utilizado NCBI-BLAST. O G-BLASTN suporta os modos blastn e megablast do NCBI-BLAST e pode produzir exatamente os mesmos resultados que o NCBI-BLAST.
A Ferramenta básica de busca de alinhamento local (BLAST) é uma das ferramentas de bioinformática mais amplamente usadas. O impacto generalizado do BLAST se reflete em mais de 110.000 citações que este software recebeu nas últimas três décadas e no uso da palavra “blast” como verbo referente à comparação de seqüências biológicas. Qualquer melhoria na velocidade de execução do BLAST seria de grande importância na prática da bioinformática e facilitaria o enfrentamento de tamanhos cada vez maiores de bancos de dados biomoleculares.
O mCUDA-MEME é um algoritmo de descoberta de motivo escalável ultra-rápido, baseado no algoritmo MEME para várias GPUs, usando uma combinação híbrida de modelos de programação paralela CUDA, MPI e OpenMP.
O SeqNFind é um poderoso conjunto de ferramentas que aborda a necessidade de alinhamentos completos e precisos de muitas pequenas sequências contra genomas inteiros, utilizando um sistema de cluster de hardware / software exclusivo que aproveita um ambiente de GPU de multiprocessamento para realizar alinhamentos de sequências genômicas de leitura rápida e completas. O SeqNFind utiliza um conjunto de ferramentas baseado em GUI (Graphical User Interface) de plataforma cruzada e banco de dados para facilitar a pesquisa em bioinformática.
SOAP3 é um software baseado em GPU para alinhar leituras curtas com uma sequência de referência. Ele pode encontrar todos os alinhamentos com k incompatibilidades, onde k é escolhido de 0 a 3.
O SOAP3-dp, como seu antecessor SOAP3, é um software baseado em GPU para alinhar leituras curtas a uma sequência de referência. Ele melhora o SOAP3 em relação à velocidade e à sensibilidade, explorando habilmente a indexação de todo o genoma e a programação dinâmica em uma GPU. O SOAP3 é limitado para encontrar alinhamentos com no máximo quatro incompatibilidades, enquanto o SOAP3-dp pode encontrar alinhamentos envolvendo incompatibilidades, INDELs e pequenas lacunas. O número de leituras alinhadas, especialmente para dados de extremidade emparelhada, geralmente aumenta de 5 a 10 por cento de SOAP3 para SOAP3-dp. O mais interessante é que o tempo de alinhamento do SOAP3-dp é muito menor do que o SOAP3, pois constata-se que a programação dinâmica baseada em GPU, quando associada à indexação, pode ser muito mais eficiente. Por exemplo, ao alinhar leituras de extremidade única de comprimento 100 com o genoma humano, o SOAP3 normalmente requer dezenas de segundos por milhão de leituras, enquanto o SOAP3-dp leva apenas alguns segundos.
Dinâmica de Fluídos CFD
O ANSYS Fluent é a mais poderosa ferramenta de software de dinâmica de fluidos computacional (CFD) disponível, permitindo que você avance cada vez mais rápido ao otimizar o desempenho do seu produto. O Fluent inclui recursos de modelagem física bem validados para fornecer resultados rápidos e precisos em uma ampla gama de aplicativos CFD e multifísicos.
O Reator Virtual Barracuda ou Barracuda VR continua sendo o único software desse tipo, construído exclusivamente para uma única aplicação: Reatores fluidizados de partículas de gás. Suas capacidades únicas foram bem validadas com dados experimentais em larga escala e com reatores operacionais comerciais em amplos setores.
A FluiDyna desenvolve soluções integradas de hardware e software. Sua especialidade principal reside particularmente no desenvolvimento e aplicação de métodos numéricos e experimentais de simulação de fluxo e termodinâmica.
O OpenFOAM (Operação e Manipulação de Campo de Código Aberto) é uma caixa de ferramentas C ++ para o desenvolvimento de solucionadores numéricos personalizados e utilitários de pré / pós-processamento para a solução de problemas de mecânica contínua, incluindo dinâmica de fluidos computacional (CFD).
Química Quântica
O VASP é um pacote complexo para executar simulações de dinâmica molecular mecânica mecânica quântica (MD) ab-initio usando pseudopotenciais ou o método de ondas aumentadas pelo projetor e um conjunto de bases de ondas planas. A abordagem implementada no VASP é baseada na aproximação da densidade local (temperatura finita) com a energia livre como quantidade variacional e uma avaliação exata do estado fundamental eletrônico instantâneo em cada etapa do tempo de MD. O VASP usa esquemas de diagonalização de matriz eficientes e uma mistura eficiente de densidade de carga Pulay / Broyden. Essas técnicas evitam todos os problemas que possam ocorrer no método original de Car-Parrinello, que se baseia na integração simultânea de equações de movimento eletrônicas e iônicas. A interação entre íons e elétrons é descrita pelos pseudopotenciais de Vanderbilt ultra-macios (US-PP) ou pelo método de ondas aumentadas pelo projetor (PAW). O US-PP (e o método PAW) permite uma redução considerável do número de ondas planas por átomo para metais de transição e elementos da primeira linha. As forças e o tensor de tensão total podem ser calculados com VASP e usados para relaxar os átomos em seu estado fundamental instantâneo.
O ABINIT é um pacote cujo programa principal permite encontrar a energia total, a densidade de carga e a estrutura eletrônica de sistemas feitos de elétrons e núcleos (moléculas e sólidos periódicos) na Teoria Funcional da Densidade (DFT), usando pseudopotenciais e base de onda plana ou de onda.
O Aces (conceitos avançados em teoria de estruturas eletrônicas) é um pacote de química computacional ab initio para a realização de cálculos ab initio de química quântica de alto nível. Sua principal força é o cálculo preciso das energias atômicas e moleculares, bem como das propriedades usando técnicas de muitos corpos, como a teoria da perturbação de muitos corpos (MBPT) e, em particular, técnicas de cluster acopladas para tratar a correlação eletrônica.
O Amsterdam Density Functional (ADF) é particularmente forte na compreensão e previsão de estrutura, reatividade e espectro de moléculas. O ADF é freqüentemente usado para estudar complexos e moléculas de metais de transição com átomos pesados, uma vez que todos os elementos da tabela periódica podem ser modelados com precisão e eficiência com a abordagem relativística do ZORA e conjuntos de bases totalmente elétrons. O ADF oferece recursos exclusivos para prever propriedades moleculares de materiais eletrônicos orgânicos. O ADF é fácil de usar com binários paralelos, GUI integrada e suportado por especialistas com décadas de experiência.
O BigDFT é um código de estrutura eletrônica massivamente paralelo ao DFT, usando um conjunto de wavelets. Wavelets formam um conjunto de bases de espaço real distribuído em uma malha adaptável.
CP2K é um pacote de software de química quântica e física de estado sólido que pode executar simulações atomísticas de sistemas de estado sólido, líquido, molecular, periódico, material, cristal e biológico. O CP2K fornece uma estrutura geral para diferentes métodos de modelagem, como o DFT, usando ondas mistas gaussianas e planas, aproximando-se do GPW e GAPW.
O Sistema Geral de Estrutura Eletrônica Atômica e Molecular (GAMESS) é um pacote geral de química quântica molecular ab initio. O GAMESS pode executar vários cálculos gerais de química computacional, incluindo Hartree-Fock, teoria funcional da densidade (DFT), ligação de valência generalizada (GVB) e campo autoconsistente multi-configuracional (MCSCF).
Gaussian é o mais recente da série gaussiana de programas de estrutura eletrônica. O Gaussian é usado por químicos, engenheiros químicos, bioquímicos, físicos e outros para pesquisa em áreas estabelecidas e emergentes de interesse químico. A partir das leis básicas da mecânica quântica, Gaussian prediz as energias, estruturas moleculares e frequências vibracionais dos sistemas moleculares, juntamente com inúmeras propriedades moleculares derivadas desses tipos básicos de computação. Pode ser usado para estudar moléculas e reações sob uma ampla gama de condições, incluindo espécies estáveis e compostos que são difíceis ou impossíveis de observar experimentalmente, como intermediários de curta duração e estruturas de transição.
O LSDalton é um código HF e DFT de escala linear adequado para grandes sistemas moleculares, agora também com alguns recursos de CCSD.
O NWChem é um pacote de software de química computacional ab initio com suporte integrado para recursos de dinâmica química e molecular quântica. O NWChem é desenvolvido e mantido pelo grupo Molecular Sciences Software no Laboratório Nacional do Noroeste do Pacífico (PNNL) e tem como objetivo ser escalável tanto na capacidade de tratar grandes problemas com eficiência quanto no uso dos recursos de computação paralela disponíveis.
O Octopus é um programa científico voltado para a experimentação virtual ab initio em uma variedade de tipos de sistemas que se espera sempre crescente. Os elétrons são descritos de maneira quântica-mecânica dentro da teoria funcional da densidade (DFT), em sua forma dependente do tempo (TDDFT) ao fazer simulações no tempo. Os núcleos são descritos classicamente como partículas pontuais. A interação elétron-núcleo é descrita dentro da aproximação pseudopotencial.
O Q-Chem é um pacote abrangente de química quântica ab initio para previsões precisas de estruturas moleculares, reatividades e espectros vibracionais, eletrônicos e de RMN.
O Quantum ESPRESSO (pacote opEn-Source para pesquisa em estrutura eletrônica, simulação e otimização) é um conjunto integrado de códigos de computador de código aberto para cálculos de estrutura eletrônica e modelagem de materiais em nanoescala. Baseia-se na teoria funcional da densidade, ondas planas e pseudopotenciais.
O TeraChem é um software de química quântica de uso geral desenvolvido para rodar em arquiteturas de GPU da NVIDIA em um sistema operacional Linux de 64 bits.
Modelagem Climática
O ASUCA é um modelo atmosférico de meso escala de alta resolução e de próxima geração que está sendo desenvolvido pela Agência Meteorológica do Japão. A ASUCA alcançou boa escalabilidade, ocultando a implementação complicada e otimizações necessárias para GPUs distribuídas, contribuindo para aumentar a capacidade de manutenção.
O Modelo COSMO é um modelo de previsão atmosférica de área limitada não hidrostática. Foi projetado para previsão de tempo numérico operacional (NWP) e para várias aplicações científicas nas escalas meso-β e meso-γ. O Modelo COSMO é baseado nas equações termo-hidrodinâmicas primitivas que descrevem o fluxo compressível em uma atmosfera úmida. As equações do modelo são formuladas em coordenadas geográficas rotacionadas e em um terreno generalizado após a coordenada da altura. Uma variedade de processos físicos é levada em consideração pelos esquemas de parametrização.
O MITgcm (Modelo de Circulação Geral do MIT) é um modelo numérico projetado para o estudo da atmosfera, oceano e clima. Sua formulação não hidrostática permite simular fenômenos fluidos em uma ampla gama de escalas; sua capacidade adjunta permite que ela seja aplicada a problemas de estimativa de parâmetros e estados. Empregando isomorfismos de fluidos, um núcleo hidrodinâmico pode ser usado para simular o fluxo na atmosfera e no oceano.
NIM é um modelo portátil de desempenho que roda em arquiteturas de CPU, GPU e MIC com um único código-fonte. A fonte única e o design eficiente do código permitem que os cientistas da aplicação mantenham o código Fortran, enquanto os cientistas da computação otimizam o desempenho e a portabilidade usando as diretivas OpenMP, OpenACC e F2C-ACC.
O Modelo de Pesquisa e Previsão Meteorológica (WRF) é um sistema de previsão de tempo numérico de mesoescala da próxima geração, projetado para atender às necessidades de pesquisa atmosférica e de previsão operacional. Possui dois núcleos dinâmicos, um sistema de assimilação de dados e uma arquitetura de software que permite computação paralela e extensibilidade do sistema. O modelo atende a uma ampla gama de aplicações meteorológicas em escalas que variam de metros a milhares de quilômetros.
Aprendizagem Profunda / Inteligência Artificial
O Caffe é uma estrutura de aprendizado profundo feita com expressão, velocidade e modularidade em mente. Arquitetura expressiva incentiva aplicação e inovação. Modelos e otimização são definidos pela configuração sem codificação. Alterne entre CPU e GPU definindo um único sinalizador para treinar em uma máquina GPU e depois implemente em clusters de mercadorias ou dispositivos móveis.
O sistema de treinamento de GPU NVIDIA Deep Learning (DIGITS) coloca o poder do aprendizado profundo nas mãos de engenheiros e cientistas de dados. DIGITS pode ser usado para treinar rapidamente a rede neural profunda (DNNs) altamente precisa para tarefas de classificação de imagem, segmentação e detecção de objetos.
O TensorFlow é uma biblioteca de software de código aberto para computação numérica usando gráficos de fluxo de dados. Os nós no gráfico representam operações matemáticas, enquanto as arestas do gráfico representam as matrizes de dados multidimensionais (tensores) comunicadas entre eles. A arquitetura flexível permite implantar a computação em uma ou mais CPUs ou GPUs em um desktop, servidor ou dispositivo móvel com uma única API. O TensorFlow foi desenvolvido originalmente por pesquisadores e engenheiros que trabalham no Google Brain Team da organização de pesquisa Machine Intelligence do Google para realizar aprendizado de máquina e pesquisa em redes neurais profundas, mas o sistema é geral o suficiente para ser aplicado em uma ampla variedade de outros domínios também.
Torch é uma estrutura de computação científica com amplo suporte para algoritmos de aprendizado de máquina. É fácil de usar e eficiente, graças a uma linguagem de script fácil e rápida, LuaJIT, e uma implementação C / CUDA subjacente.
Theano é uma biblioteca de computação numérica para Python. No Theano, os cálculos são expressos usando uma sintaxe do tipo NumPy e compilados para serem executados com eficiência nas arquiteturas de CPU ou GPU. O Theano é um projeto de código aberto, desenvolvido principalmente por um grupo de aprendizado de máquina da Universidade de Montreal.
Tensores e redes neurais dinâmicas em Python com forte aceleração de GPU.
CO Chainer é uma estrutura de código aberto independente e baseada em Python para modelos de aprendizado profundo. O Chainer fornece um meio flexível, intuitivo e de alto desempenho para implementar uma gama completa de modelos de aprendizado profundo, incluindo modelos de ponta, como redes neurais recorrentes e auto-codificadores variacionais.
O Clusterone facilita e agiliza a execução de cargas de trabalho de aprendizado profundo, de qualquer escala e complexidade, em qualquer infraestrutura. Colocando os cientistas de dados em primeiro lugar. Isso remove o tempo gasto no gerenciamento e configuração da infraestrutura das equipes de ciência de dados, fornecendo uma plataforma pronta para uso e ferramentas essenciais. Para as organizações, reduz os custos do projeto, maximizando a eficiência de suas equipes de ciência de dados e recursos de hardware.
Keras é uma biblioteca de redes neurais de alto nível, escrita em Python e capaz de rodar sobre o TensorFlow ou o Theano. Foi desenvolvido com o objetivo de permitir experimentação rápida.
oSense é um sistema facial para pessoas contando e classificando-as por faixa etária e gênero. Ele também monitora o tempo gasto em um determinado local e é capaz de detectar novos e repetidos visitantes.
Pylearn2 é uma biblioteca de aprendizado de máquina. A maior parte de sua funcionalidade é construída sobre o Theano. Isso significa que você pode escrever plugins Pylearn2 (novos modelos, algoritmos etc.) usando expressões matemáticas, e o Theano otimizará e estabilizará essas expressões para você e as compilará em um back-end de sua escolha (CPU ou GPU).
Horovod é uma estrutura de treinamento distribuído para TensorFlow, Keras e PyTorch. O objetivo do Horovod é tornar o Deep Learning distribuído rápido e fácil de usar.
Plataforma / camada superior para Kubernetes e Horovod
Um kit de ferramentas gratuito, fácil de usar, de código aberto e de nível comercial que treina algoritmos de aprendizado profundo para aprender como o cérebro humano. Anteriormente CTNK.
O Deeplearning4j pretende ser plug and play de ponta, mais convenções do que configuração, o que permite uma rápida criação de protótipos para cientistas de dados, profissionais de aprendizado de máquina e engenheiros de software. O DL4J é personalizável em escala.
O ND4J é um projeto de código aberto destinado a desenvolvedores profissionais de Java familiarizados com implantações de produção, um IDE como o IntelliJ e uma ferramenta de criação automatizada como o Apache Maven. Nossa ferramenta irá atendê-lo melhor se você já tiver essas ferramentas.
O Apache SINGA é um projeto de Incubação do Apache para o desenvolvimento de uma biblioteca de aprendizado de máquina de código aberto. Ele fornece uma arquitetura flexível para treinamento distribuído escalável, é extensível para rodar em uma ampla gama de hardware e tem foco em aplicativos de assistência médica.
O Apache MXNet é uma estrutura moderna de aprendizado profundo de código aberto usada para treinar e implantar redes neurais profundas. É escalável, permitindo treinamento rápido de modelo e suporta um modelo de programação flexível e várias linguagens (C ++, Python, Julia, Matlab, JavaScript, Go, R, Scala, Perl, Wolfram Language). A biblioteca MXNet é portátil e pode ser dimensionada para várias GPUs.
OPENCV
O OpenCV (Open Source Computer Vision) é uma biblioteca de funções de programação destinadas principalmente à visão computacional em tempo real. Originalmente desenvolvido pela Intel, foi posteriormente suportado pela Willow Garage e pela Itseez (que mais tarde foi adquirida pela Intel). A biblioteca é multiplataforma e gratuita para uso sob a licença BSD de código aberto.
O DeepChem é uma biblioteca python que fornece uma cadeia de ferramentas de código aberto de alta qualidade para aprendizado profundo em descoberta de drogas, ciência de materiais, química quântica e biologia.
O BIDMach é uma biblioteca de aprendizado de máquina muito rápida. A distribuição do github contém apenas o código fonte. Você também precisa de um jdk 8, uma instalação do NVIDIA CUDA 8.0 (se você quiser usar uma GPU) e CUDNN 5 se planeja usar redes profundas. Para construir você precisa do maven 3.X.
A H2O.ai é uma empresa de software de código aberto e criadora do H2O, uma plataforma de ciência de dados e aprendizado de máquina de código aberto usada por muitas empresas da Fortune 500, mais de 14.000 organizações e centenas de milhares de cientistas de dados em todo o mundo.
O Fast.ai é uma biblioteca que simplifica o treinamento de redes neurais rápidas e precisas usando as melhores práticas modernas. Baseia-se em pesquisas sobre as melhores práticas de aprendizado profundo realizadas em fast.ai. A biblioteca inclui suporte “pronto para uso” para modelos de filtragem de visão, texto, tabular e colaborativo.
Darknet é uma estrutura de rede neural de código aberto escrita em C e CUDA. É rápido, fácil de instalar e suporta computação de CPU e GPU. Você olha apenas uma vez (YOLO) é um sistema de detecção de objetos de última geração, em tempo real, codificado no Darknet.
O suíte RAPIDS de bibliotecas de software de código aberto permite a execução de pipelines de ciência e dados de ponta a ponta nas GPUs. Ele conta com as primitivas NVIDIA CUDA para otimização da computação em baixo nível, mas expõe o paralelismo da GPU e a velocidade da memória de alta largura de banda por meio de interfaces Python fáceis de usar.
O servidor de inferência TensorRT é uma plataforma de inferência, fornecendo uma solução de software que expande a utilidade de modelos e estruturas e melhora a utilização de GPUs e CPUs. As soluções de inferência Exxact Deep Learning são fornecidas com o servidor de inferência TensorRT, que encapsula tudo o que você precisa para implantar um servidor de inferência de alto desempenho.
Computação de Alto Desempenho HPC
SLURM
Slurm é uma carga de trabalho de código aberto altamente configurável e gerenciador de recursos. Em sua configuração mais simples, o Slurm pode ser instalado e configurado em alguns minutos. O uso de plug-ins opcionais fornece a funcionalidade necessária para satisfazer as necessidades dos centros de HPC exigentes com diversos tipos de trabalho, políticas e fluxos de trabalho. As configurações avançadas usam plug-ins para fornecer recursos como contabilidade, gerenciamento de limite de recursos por usuário ou conta bancária e suporte para algoritmos sofisticados de agendamento.
Docker
O Docker é usado para executar pacotes de software chamados “contêineres”. Os contêineres são isolados um do outro e agrupam seus próprios aplicativos, ferramentas, bibliotecas e arquivos de configuração; eles podem se comunicar através de canais bem definidos. Todos os contêineres são executados por um único kernel do sistema operacional e, portanto, são mais leves que as máquinas virtuais. Os contêineres são criados a partir de “imagens” que especificam seu conteúdo preciso. As imagens geralmente são criadas combinando e modificando imagens padrão baixadas de repositórios públicos.
Singularity
O Singularity é um programa de computador gratuito, de plataforma cruzada e de código aberto, que executa a virtualização no nível do sistema operacional, também conhecida como conteinerização. Um dos principais usos do Singularity é levar contêineres e reprodutibilidade à computação científica e ao mundo da computação de alto desempenho (HPC). A necessidade de reprodutibilidade requer a capacidade de usar contêineres para mover aplicativos de sistema para sistema. Usando contêineres Singularity, os desenvolvedores podem trabalhar em ambientes reproduzíveis de sua escolha e design, e esses ambientes completos podem ser facilmente copiados e executados em outras plataformas.
Kubernetes
O Kubernetes (comumente estilizado como K8s) é um sistema de orquestração de contêiner de código aberto para automatizar a implantação, o dimensionamento e o gerenciamento de aplicativos em contêiner. Foi originalmente projetado pelo Google e agora é mantido pela Cloud Native Computing Foundation. O objetivo é fornecer uma “plataforma para automatizar a implantação, o dimensionamento e as operações dos contêineres de aplicativos nos clusters de hosts”. Ele trabalha com uma variedade de ferramentas de contêiner, incluindo o Docker, desde seu primeiro lançamento.
BeeGFS
O BeeGFS (anteriormente FhGFS) é um sistema de arquivos paralelos de código aberto, desenvolvido e otimizado para computação de alto desempenho. O BeeGFS inclui uma arquitetura de metadados distribuídos por motivos de escalabilidade e flexibilidade. Seu aspecto mais importante é a taxa de transferência de dados. O BeeGFS foi desenvolvido originalmente no Fraunhofer Center for High Performance Computing na Alemanha por uma equipe em torno de Sven Breuner.
Bright Cluster Manager
Com o Bright Cluster Manager, os administradores de sistema podem rapidamente colocar os clusters em funcionamento e mantê-los funcionando de maneira confiável por todo o ciclo de vida – tudo com a facilidade e a elegância de um gerenciador de cluster de nível empresarial completo.
NGC
O NGC é o centro do software acelerado por GPU que simplifica os fluxos de trabalho para que cientistas e desenvolvedores de dados possam se concentrar na criação de modelos e soluções maiores e com maior precisão, e os pesquisadores possam se concentrar em coletar informações.
Matemática
ArrayFire
A ArrayFire é especializada no desenvolvimento de soluções de computação escalonáveis e aceleradas em plataformas computacionais modernas para nossos clientes. Como líder do setor em computação de alto desempenho por quase 10 anos, o ArrayFire continua a impulsionar a inovação em todas as áreas da computação acelerada, desde aplicativos implantados em plataformas móveis e de baixa potência até simulações científicas em supercomputadores de última geração.
MATLAB
O MATLAB é um ambiente de computação e programação numérica com uma ampla gama de funcionalidades (manipulação de matriz, álgebra linear numérica, gráficos de uso geral, etc.). O MATLAB é uma linguagem de alto nível e um ambiente interativo que permite executar tarefas intensivas em termos de computação mais rapidamente do que com linguagens de programação tradicionais, como C, C ++ e FORTRAN. Além disso, áreas de aplicação especializadas (por exemplo, bioinformática ou derivativos financeiros) são atendidas por um grande número de caixas de ferramentas opcionais.
SciComp
O SciComp gera código-fonte eficiente do modelo de precificação de derivativos da família C a partir de especificações escritas em uma linguagem intuitiva e específica para finanças. O SciComp também gera código de invólucro para automatizar a integração sem impor modelos de dados proprietários.
Wolfram Mathematica
O Wolfram Mathematica fornece um único sistema integrado em constante expansão que cobre a amplitude e a profundidade da computação técnica. O Mathematica definiu o estado da arte em computação técnica – e forneceu o principal ambiente de computação para milhões de inovadores, educadores, estudantes e outros em todo o mundo.
Xcelerit
O Xcelerit é direcionado a especialistas em domínio que usam cálculos pesados no seu dia-a-dia, como matemáticos, pesquisadores, engenheiros ou cientistas. Os usuários podem se concentrar no núcleo de seu algoritmo, em vez de abordar o paralelismo e os detalhes de hardware de baixo nível, e ainda assim podem gerar programas de alto desempenho.
Mecânica Estrutural
ABAQUS
Abaqus é um elemento finito comercial popular, simulação multi-física da Simulia. O Abaqus é um aplicativo paralelo e pode ser executado no modo MPI e no modo encadeado de memória compartilhada. A execução paralela é acionada e controlada pelas opções de linha de comando para o driver abaqus, juntamente com todas as outras opções de execução. A NVIDIA e SIMULIA, a marca Dassault Systèmes para Realistic Simulation, colaboraram para fornecer o poder da computação de GPU para os clientes da Abaqus. A aceleração da GPU NVIDIA permite resultados mais rápidos para tempos de computação e retorno de trabalho mais eficientes, oferecendo mais utilização de licença para o mesmo investimento.
ANSYS
O ANSYS permite prever com confiança que seus produtos prosperarão no mundo real. Os líderes da indústria usam a ANSYS para criar protótipos virtuais completos de produtos e sistemas complexos – compostos de componentes mecânicos, eletrônicos e de software embarcado – que incorporam todos os fenômenos físicos existentes nos ambientes do mundo real. ANSYS e GPUs trabalham de maneira eficaz para garantir o desempenho mais rápido para simulações em execução no software paralelo ANSYS.
Blaze-DEMGPU
O Blaze-DEMGPU é uma estrutura modular de método de elemento discreto (DEM) baseado em GPU que suporta partículas em forma de poliédrica. O desempenho de alto nível é atribuído ao peso leve e SIMD (Single Instruction Multiple Data) que a arquitetura da GPU oferece. O Blaze-DEMGPU oferece algoritmos adequados para realizar simulações de DEM na GPU e esses algoritmos podem ser estendidos e modificados.
GTS NX
O GTS NX é um pacote abrangente de software de análise de elementos finitos, equipado para lidar com toda a gama de aplicações de projeto geotécnico, incluindo fundações profundas, escavações, sistemas complexos de túneis, análise de infiltração, análise de consolidação, projeto de aterro, análise dinâmica e de estabilidade de taludes. O GTS NX também possui uma plataforma de modelagem avançada e amigável que permite níveis incomparáveis de precisão e eficiência.
Impetus
IMPETUS Afea é um sistema para simulações de elementos finitos explícitos não lineares. Você investe no software IMPETUS se a resposta de grande deformação de componentes e estruturas for um elemento-chave do seu processo e se a precisão, robustez e simplicidade agregam valor à sua empresa.
LS-Dyna
O LS-DYNA é um pacote avançado de simulação multi-física de uso geral desenvolvido pela Livermore Software Technology Corporation (LSTC). Embora o pacote continue a conter mais e mais possibilidades para o cálculo de muitos problemas complexos do mundo real, suas origens e competências essenciais estão na análise de elementos finitos (FEA), altamente não linear, transitória e dinâmica, usando integração explícita do tempo.
Nastran
O MSC Nastran fornece acesso flexível e de baixo custo às principais soluções CAE da MSC Nastran e Adams por meio de um sistema escalável, comum e integrado fácil de usar do SimXpert. Essa solução econômica permite que as empresas mantenham seus custos de CAE sob controle, enquanto ainda aproveitam as melhores soluções de simulação da categoria. A aceleração da GPU permite resultados mais rápidos para tempos de computação e retorno de trabalho mais eficientes, oferecendo mais utilização de licença para o mesmo investimento.
MultiMechanics
A MultiMechanics desenvolve o melhor software da categoria para modelagem realista e análise micromecânica de materiais compósitos. Agora, o MultiMech for Ansys ™ permite que os engenheiros usem essas técnicas inovadoras diretamente no Ansys Workbench e no Ansys Mechanical. O MultiMech for Ansys ™ é uma maneira simples, precisa e de baixo custo de prever o comportamento de peças compostas.
Dinâmica Molecular
ACELLERA
O ACELLERA é um software de dinâmica molecular de produção especialmente otimizado para rodar em unidades de processamento gráfico (GPUs) da NVIDIA. O ACEMD é o mecanismo de dinâmica molecular mais rápido do mundo para uma única estação de trabalho e pode ler os populares formatos de campo de força CHARMM e AMBER sem nenhuma alteração.
AMBER
O AMBER é um conjunto de ferramentas de modelagem molecular e simulação de dinâmica molecular, disponível para CPUs e GPUs. ÂMBAR refere-se a duas coisas: um conjunto de campos de força mecânicos moleculares para a simulação de biomoléculas que são de domínio público e são usados em uma variedade de programas de simulação; e um pacote de programas de simulação molecular.
CHARMM
Charmm é um programa de simulação molecular versátil e amplamente utilizado, com ampla aplicação em sistemas de muitas partículas. O Charmm foi desenvolvido com foco principal no estudo de moléculas de interesse biológico, como peptídeos, proteínas, grupos protéticos, ligantes de pequenas moléculas, ácidos nucléicos, lipídios e carboidratos, pois ocorrem em ambientes de solução, cristais e membranas. A Charmm fornece um amplo conjunto de ferramentas computacionais que abrangem vários métodos de amostragem conformacional e de caminho, estimativas de energia livre, minimização molecular, dinâmica e técnicas de análise e recursos de construção de modelos. O encanto também pode ser útil para uma classe muito mais ampla de sistemas de muitas partículas e pode ser utilizado com várias funções e modelos de energia, desde campos de forças mecânicos-moleculares quânticos mistos a potenciais clássicos de todos os átomos com solvente explícito e várias condições de contorno, para modelos implícitos de solventes e membranas.
QUANTUM ESPRESSO
ESPResSo é um pacote de software altamente versátil para executar e analisar simulações científicas de várias partículas da Dinâmica Molecular de modelos atomísticos ou de mola de esferas de granulação grossa, pois são usados em pesquisas de matéria mole em física, química e biologia molecular. Pode ser usado para simular sistemas como polímeros, cristais líquidos, colóides, ferrofluidos e sistemas biológicos, por exemplo, membranas de DNA e lipídios.
GPUGRID
GPUGRID é uma infraestrutura de computação distribuída dedicada à pesquisa biomédica. Os cientistas do GPUGRID podem realizar simulações moleculares para entender a função das proteínas na saúde e na doença.
GROMACS
O GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulation) é um pacote de dinâmica molecular projetado principalmente para a simulação de proteínas, lipídios e ácidos nucléicos. O GROMACS é um dos pacotes de software de dinâmica molecular mais rápidos e populares disponíveis, e pode ser executado tanto em CPUs quanto em GPUs.
LAMMPS
O LAMMPS (Simulador Paralelo Atômico / Molecular de Massa Molecular em Grande Escala) é um simulador de dinâmica molecular de código aberto escrito em C ++ pela Sandia National Laboratories e foi projetado para máquinas paralelas. O LAMMPS modela um conjunto de partículas em estado líquido, sólido ou gasoso. Ele pode modelar sistemas atômicos poliméricos, biológicos, metálicos ou de mesoescala usando uma variedade de campos de força e condições de contorno e é facilmente extensível.
NAMD
NAMD é um código de dinâmica molecular paralela projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares. Baseado em objetos paralelos do Charm ++, o NAMD é escalado para centenas de núcleos para simulações típicas e além de 200.000 núcleos para as maiores simulações. O NAMD usa o popular programa de gráficos moleculares VMD para configuração de simulação e análise de trajetória, mas também é compatível com arquivos AMBER, CHARMM e X-PLOR. O NAMD é distribuído gratuitamente com o código fonte. Você mesmo pode criar o NAMD ou fazer o download de binários para uma ampla variedade de plataformas.
OPENMM
O OpenMM é um kit de ferramentas para simulação molecular. Ele pode ser usado como um aplicativo independente para executar simulações ou como uma biblioteca que você chama a partir do seu próprio código. Ele fornece uma combinação de extrema flexibilidade (através de forças e integradores personalizados), abertura e alto desempenho (especialmente em GPUs recentes) que o tornam verdadeiramente único entre os códigos de simulação.
RELION
RELION, para Otimização de probabilidade regularizada, é um programa de computador de código aberto para o refinamento de estruturas macromoleculares por análise de partículas únicas de dados de crio-microscopia eletrônica (crio-EM). Enquanto abordagens alternativas geralmente dependem da experiência do usuário para o ajuste de parâmetros, o RELION usa uma abordagem bayesiana para inferir parâmetros de um modelo estatístico a partir dos dados.
CRYOSPARC
O CryoSPARC ™ é uma ferramenta de software fácil de usar que permite a descoberta rápida e imparcial de estruturas de proteínas e complexos moleculares a partir de dados cryo-EM.
SPHIRE
O SPHIRE é um novo conjunto de software projetado para facilitar o acesso à microscopia eletrônica de criogenia com o objetivo claro de avaliação da qualidade e reprodutibilidade dos resultados por reamostragem estatística. Embora sejam adequados para iniciantes em crio-EM, usuários experientes encontrarão conforto na acessibilidade de quase todas as variáveis possíveis nas guias de opções avançadas e na estrutura transparente e facilmente personalizável baseada em Python para pipelines de processamento não padrão. Em uma interface gráfica do usuário (GUI) visualmente atraente e fácil de usar, o usuário encontrará uma variedade de programas que guiarão o processo completo de crio-EM de alta resolução.
Phenix
PHENIX é um conjunto de software para a determinação automatizada de estruturas moleculares usando cristalografia de raios-X e outros métodos.
VMD
O VMD é um programa de visualização molecular para exibir, animar e analisar grandes sistemas biomoleculares usando gráficos 3D e scripts internos. O VMD suporta computadores executando o MacOS-X, Unix ou Windows, é distribuído gratuitamente e inclui código-fonte.
BITPLANE IMARIS
O módulo científico central da Bitplane, IMARIS, oferece todas as funcionalidades necessárias para visualização, análise, segmentação e interpretação de dados de conjuntos de dados de microscopia 3D e 4D.
SCHRODINGER MD
Um código de Dinâmica Molecular de alto desempenho, juntamente com tecnologias de hardware de computador em constante avanço, pode ser usado para realizar simulações em escalas de tempo que iluminam esses importantes processos biológicos. Desmond, criado por D. E. Shaw Research, fornece uma combinação sem precedentes de escalabilidade paralela, rendimento de simulação e precisão científica para atingir esses objetivos.
SCHRODINGER MS
Solução integrada para simulação em escala atômica de sistemas químicos.
ROSETTA
O pacote de software Rosetta inclui algoritmos para modelagem computacional e análise de estruturas de proteínas. Ele permitiu avanços científicos notáveis na biologia computacional, incluindo projeto de proteínas de novo, projeto de enzimas, acoplamento de ligantes e previsão de estrutura de macromoléculas biológicas e complexos macromoleculares.
SCIPION
Scipion é uma estrutura de processamento de imagens de última geração para obter modelos 3D de complexos macromoleculares usando a Microscopia Eletrônica (3dem). Scipion integra vários pacotes de software e apresenta uma interface unificada para biólogos e desenvolvedores. Permite fluxos de trabalho executáveis que combinam diferentes ferramentas de software, enquanto cuida de formatos e conversões com foco na reprodutibilidade.
Física
CHROMA
O Chroma suporta construções de programação paralela a dados para a teoria dos campos de rede e, em particular, o QCD da rede. Ele usa a programação paralela de dados SciDAC QDP ++ (em C ++) que apresenta uma única imagem de código de alto nível para o usuário, mas pode gerar código altamente otimizado para muitos sistemas arquitetônicos, incluindo estações de trabalho de nó único, estações de trabalho SMP multithread, clusters de estações de trabalho via QMP e computadores vetoriais clássicos.
MILC
O MILC realiza simulações da teoria do medidor de treliça SU (3) quadridimensional em máquinas paralelas MIMD. As “interações fortes” são responsáveis por ligar os quarks aos prótons e nêutrons e mantê-los todos juntos no núcleo atômico.
QUDA
O QUDA é uma biblioteca para a realização de cálculos no QCD da rede em unidades de processamento gráfico (GPUs), aproveitando a plataforma CUDA da NVIDIA.
XFDTD
O XFdtd é um solucionador de simulação eletromagnética 3D que fornece aos engenheiros ferramentas poderosas e inovadoras para modelagem e simulação de campo EM. E é fácil de usar e projetado para replicar processos do mundo real. Graças à XStream GPU Acceleration, uma aceleração de simulação EM integrada via GPU, a modelagem e simulação com base no FDTD podem ser aceleradas tremendamente, aproveitando a potência da GPU mais avançada da NVIDIA.
Visualização e Renderização
VTK
Os aplicativos VTK são amplamente construídos ao conectar vtkAlgorithms. Cada algoritmo (também conhecido como filtro) inspeciona o conjunto de dados que ele recebe e produz alguns dados derivados para o algoritmo (ou algoritmos) conectado a ele. O conjunto de filtros conectado forma uma rede de fluxo de dados. O VTK usa fortemente a contagem de referência para eliminar o consumo de memória redundante e os carimbos de data e hora na rede orientada pela demanda para eliminar o cálculo redundante. Os algoritmos são fortemente checados para impor conectividade de filtro compatível.
VISLT
O VisIt é uma ferramenta de código aberto, interativa, escalável, de visualização, animação e análise. Nas estações de trabalho Unix, Windows ou Mac, os usuários podem visualizar e analisar interativamente dados que variam em escala, desde projetos pequenos (<101 núcleos) do tamanho de desktops até grandes campanhas de simulação de instalações de computação da classe líder (> 105 núcleos).
PARAVIEW
O ParaView é um aplicativo de análise e visualização de dados multiplataforma e de código aberto. Os usuários do ParaView podem criar visualizações rapidamente para analisar seus dados usando técnicas qualitativas e quantitativas. A exploração de dados pode ser feita interativamente em 3D ou programaticamente usando os recursos de processamento em lote do ParaView.