Dispomos de experiência no fornecimento de servidores e workstations para a pesquisa e desenvolvimento de Bioinformática.
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Veja abaixo os principais softwares utilizados para Bioinformática e uma pequena descrição deles:
BARRACUDA
Iniciado em 2009, o objetivo do projeto BarraCUDA é desenvolver um software de mapeamento de sequência que utilize o paralelismo massivo de unidades de processamento gráfico (GPUs) para acelerar o alinhamento inexato de leituras curtas de sequência para um local específico em um genoma de referência.
CUDASW++
O software CUDASW ++ é um software público de código aberto para pesquisas de bancos de dados de proteínas Smith-Waterman em unidades de processamento gráfico (GPUs) com CUDA.
GATK
O GATK é o padrão da indústria para identificar SNPs e indels nos dados de DNA e RNAseq da linha germinativa. Seu escopo agora está se expandindo para incluir ferramentas de chamada de variantes somáticas e combater o número de cópias (CNV) e variação estrutural (SV). Além dos chamadores variantes, o GATK também inclui muitos utilitários para executar tarefas relacionadas, como processamento e controle de qualidade de dados de sequenciamento de alta taxa de transferência.
O G-BLASTN é uma ferramenta de alinhamento de nucleotídeos acelerada por GPU baseada no amplamente utilizado NCBI-BLAST. O G-BLASTN suporta os modos blastn e megablast do NCBI-BLAST e pode produzir exatamente os mesmos resultados que o NCBI-BLAST.
A Ferramenta básica de busca de alinhamento local (BLAST) é uma das ferramentas de bioinformática mais amplamente usadas. O impacto generalizado do BLAST se reflete em mais de 110.000 citações que este software recebeu nas últimas três décadas e no uso da palavra “blast” como verbo referente à comparação de seqüências biológicas. Qualquer melhoria na velocidade de execução do BLAST seria de grande importância na prática da bioinformática e facilitaria o enfrentamento de tamanhos cada vez maiores de bancos de dados biomoleculares.
O mCUDA-MEME é um algoritmo de descoberta de motivo escalável ultra-rápido, baseado no algoritmo MEME para várias GPUs, usando uma combinação híbrida de modelos de programação paralela CUDA, MPI e OpenMP.
O SeqNFind é um poderoso conjunto de ferramentas que aborda a necessidade de alinhamentos completos e precisos de muitas pequenas sequências contra genomas inteiros, utilizando um sistema de cluster de hardware / software exclusivo que aproveita um ambiente de GPU de multiprocessamento para realizar alinhamentos de sequências genômicas de leitura rápida e completas. O SeqNFind utiliza um conjunto de ferramentas baseado em GUI (Graphical User Interface) de plataforma cruzada e banco de dados para facilitar a pesquisa em bioinformática.
SOAP3 é um software baseado em GPU para alinhar leituras curtas com uma sequência de referência. Ele pode encontrar todos os alinhamentos com k incompatibilidades, onde k é escolhido de 0 a 3.
O SOAP3-dp, como seu antecessor SOAP3, é um software baseado em GPU para alinhar leituras curtas a uma sequência de referência. Ele melhora o SOAP3 em relação à velocidade e à sensibilidade, explorando habilmente a indexação de todo o genoma e a programação dinâmica em uma GPU. O SOAP3 é limitado para encontrar alinhamentos com no máximo quatro incompatibilidades, enquanto o SOAP3-dp pode encontrar alinhamentos envolvendo incompatibilidades, INDELs e pequenas lacunas. O número de leituras alinhadas, especialmente para dados de extremidade emparelhada, geralmente aumenta de 5 a 10 por cento de SOAP3 para SOAP3-dp. O mais interessante é que o tempo de alinhamento do SOAP3-dp é muito menor do que o SOAP3, pois constata-se que a programação dinâmica baseada em GPU, quando associada à indexação, pode ser muito mais eficiente. Por exemplo, ao alinhar leituras de extremidade única de comprimento 100 com o genoma humano, o SOAP3 normalmente requer dezenas de segundos por milhão de leituras, enquanto o SOAP3-dp leva apenas alguns segundos.